Μέτοχοι του Αναπτυξιακού Οργανισμού “ΙΟΝΙΑ ΑΝΑΠΤΥΞΗ – Α.Ο.Π.Ι.Ν.” είναι η Περιφέρεια Ιονίων Νήσων που συμμετέχει στο μετοχικό κεφάλαιο κατά 90% με 9.000 μετοχές, και το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης Ιονίων Νήσων που συμμετέχει στο μετοχικό κεφάλαιο κατά 10% με 1.000 μετοχές.